過去に遭遇した気がするようなしないような状態でググってみたら、弩ストライクなエントリを書いている方がいらして助かりました。
ひと言で言うと「そのtarボール、Macで固めたやつをLinuxで展開しようとしてない?」ということ。
Capistranoを使ってデプロイするとtarのエラーになる tar: Ignoring unknown extended header keyword – Qiita
どうやらMacがBSDのtarを使ってデプロイ先がGNUのtarを使っているために、正しく解釈できなくなっているらしい。
ありがとうございましtar。